免疫系统与肠道细菌相互联系。两者之间的关系是共生的，因此它们共同进化，以确保身体受到保护，并消除与之接触的任何有害病原体。两者之间的相互作用始于出生时，也就是身体第一次遇到细菌的那一刻——因为产道中含有大量细菌。随着时间的推移，免疫系统形成了微生物群的多样性，肠道影响着免疫系统的强度和发育。在整个生命过程中，其他因素也会影响肠道菌群的组成，即饮食、环境、生活习惯。肠道和免疫系统相互支持，促进身体健康。科学表明我们的肠道微生物群在我们身体的免疫系统中扮演着重要的角色。
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肠道微生物群是肠道内细菌和其它微生物的集合，主要的是细菌。每个人肠道细菌的种类有区别，大约在-1,种。
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肠道微生物群或肠道菌群和肠道屏障决定肠道健康。它们除了促进肠道的消化和吸收功能和保护身体免受外来微生物的感染，还调节新陈代谢和黏膜免疫系统。肠道细菌在维持和保护肠道屏障方面也起重要作用。肠道内大约有万亿活的微生物，决定人70%以上的免疫功能。肠道里的益生菌有助于健康和免疫。它们最基本的功能是通过排毒和消除外来有害物质来对抗进入体内的有害物质。
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益生菌可以通过产生醋酸和乳酸等有机酸，进而降低大肠的pH值，从而阻止有害细菌的生长。因为这些有害的细菌需要在中性pH环境中才能茁壮成长。这种较低的pH值也会阻止胆固醇和胆汁酸在结肠中的代谢。由于胆固醇和胆汁代谢物是致癌因子，所以，益生菌在预防胃肠道和其他器官癌症方面也能发挥重要作用。这些有益的细菌，甚至可以通过阻止一种参与胆固醇合成的酶的活性来降低血清胆固醇水平和心血管疾病的风险。