对于明确有幽门螺旋杆菌（HP）感染的消化性溃疡患者，首先应该进行根除HP治疗。考虑耐药显著影响根除率，目前推荐的HP根除方案为铋剂+质子泵抑制剂（PPI），再选用2种抗菌药物组成的四联疗法，四种方案可供选择：
枸橼酸铋钾（mg，2次/天）+奥美拉唑（20mg，2次/天）+阿莫西林（1.0g,2次/天）+克拉霉素（0.5g，2次/天）；枸橼酸铋钾（mg，2次/天）+奥美拉唑（20mg，2次/天）+阿莫西林（1.0g,2次/天）+左氧氟沙星（0.2g，2次/天，或0.5g，1次/天）枸橼酸铋钾（mg，2次/天）+奥美拉唑（20mg，2次/天）+阿莫西林（1.0g,2次/天）+呋喃唑酮（0.1g，2次/天）枸橼酸铋钾（mg，2次/天）+奥美拉唑（20mg，2次/天）+四环素（0.75g，2次/天）+甲硝唑（0.4g，2次/天）或呋喃唑酮（0.1g，2次/天）疗程10天或14天。复查应在根除治疗结束至少4周后进行（若病情需要继续使用PPI治疗，待疗程结束停用PPI至少2周后进行）。复查的方法首选13C或14C尿素呼气试验。
（注：根除是指抗菌治疗停药4周后HP仍保持阴性，说明HP被杀灭。如果停药4周后复查Hp再次阳性，则称之为复发。）
如首次治疗失败，可在上面剩余的方案中再选1种进行补救。如果在剩余方案中治疗再次失败，确实需要第三次治疗，需先做幽门螺杆菌的耐药检测，再重新设计治疗方案。
抗HP失败的原因需要注意：1.患者的服药依从性差，未坚持服完整个疗程的不少见；2.医院复查，如果根除失败也耽误了补救治疗；3.接诊医生选用的抗HP方案不合理；4.部分HP本身具有耐药性，杀死了敏感的，留下了耐药的。